Les espèces suivantes ont d’abord été classées dans le genre miltonia puis ont été reclassées dans un autre genre et renommées :
- Miltonia endresii a été classé dans le genre Miltoniopsis et s’appelle maintenant Miltoniopsis warscewiczii
- Miltonia karwinskii synonyme Miltonia laevis a été classé dans le genre Oncidium et s’appelle Oncidium laeve
- Miltonia leucomelas a été classé dans le genre Oncidium et s’appelle maintenant Oncidium reichenheimii
- Miltonia parva a été classé dans le genre Cischweinfia et s’appelle maintenant Cischweinfia parva
- Miltonia phalaenopsis synonyme Miltonia pulchella a été classé dans le genre Miltoniopsis et s’appelle maintenant Miltoniopsis phalaenopsis
- Miltonia reichenheimii a été classé dans le genre Oncidium et s’appelle maintenant Oncidium reichenheimii
- Miltonia roezlii a été classé dans le genre Miltoniopsis et s’appelle maintenant Miltoniopsis roezlii
- Miltonia superba a été classé dans le genre Miltonopsis et s’appelle maintenant Miltonopsis vexillarius
- Miltonia vexillaria a été classé dans le genre Miltonopsis et s’appelle maintenant Miltonopsis vexillarius
